La intoxicación alimentaria es producto de la ingesta de toxinas formadas en tejidos de plantas o animales, o producidos por bacterias o mohos, o por sustancias químicas que se incorporan al alimento de modo accidental, incidental o intencional en algún momento de la cadena (desde su producción hasta su consumo). Estas toxinas generalmente no poseen olor o sabor, por lo que es difícil notar que hay algo mal con el alimento, y son capaces de causar enfermedades aún después que el microorganismo es eliminado. Algunas toxinas pueden estar presentes de manera natural en el alimento, como en el caso de ciertos hongos y animales como el pez globo. Por ejemplo: botulismo, intoxicación estafilocócica o por toxinas producidas por hongos.
La primera diferencia se encuentra en la causa de la enfermedad. En la infección alimentaria, un organismo vivo que se multiplicó primero en el alimento entró al cuerpo del consumidor y continuó propagándose provocando los síntomas mientras que en la intoxicación los síntomas fueron provocados por un compuesto químico con capacidad de producir daño.
La segunda diferencia es el periodo de incubación. En una intoxicación no se suele tener fiebre y las consecuencias aparecen solo unas pocas horas después de consumir el alimento contaminado. En las infecciones sí se tiene fiebre y la dosis infecciosa (número de microorganismos necesarios para causar enfermedad) requiere un período de incubación de varios días. O incluso años, como ocurre con la Enfermedad de Creutzfeldt-Jakob (la de las vacas locas).
El resto de síntomas son parecidos: diarrea, náuseas, vómitos, dolor abdominal, fatiga, etc. En general una persona saludable se recupera bien, pero pueden surgir complicaciones serias en personas con enfermedades previas, mujeres embarazadas (problemas para ellas y para el feto), niños y ancianos.