La contaminación de alimentos puede ocurrir de manera directa o indirecta.
La contaminación directa implica que los gérmenes se encuentran en la fuente del alimento, en productos cárnicos el animal estaba enfermo o era portador del contaminante. Para evitar este tipo de contaminación el establecimiento debe estar consciente del nivel de higiene de los proveedores.

La contaminación indirecta implica el contacto del alimento con fuentes contaminadas. Esto quiere decir que los utensilios, equipos o el manipulador es quien está contaminado en primera instancia. Por ende, los manipuladores de alimentos deben evitar:
No obstante, lo habitual es que el profesional que se dedique al ámbito de la manipulación de alimentos, conozca las normas básicas de higiene, sepa cuáles son las causas más comunes de las intoxicaciones alimentarias y las evite, use correctamente las diferentes herramientas como las cámaras de refrigeración y congelación, así como sepa realizar las operaciones de limpieza de manera segura e higiénica.